微生物有機肥料的分類:
 
　　狹義地生物肥料，是通過微生物生命活動，使農作物得到特定的肥料效應的制品，也被稱之為接種劑或菌肥，它本身不含營養元素，不能代替化肥。
 
　　廣義地生物肥料是既含有作物所需的營養元素，又含有微生物的制品，是生物、有機、無機的結合體它可以代替化肥，提供農作物生長發育所需的各類營養元素。
 
　　生物肥料從其作用上可分為：
 
　　生物固氮菌(如根瘤菌)；分解土壤有機物菌劑(有機磷細菌肥、綜合細菌肥；分解土壤難溶性礦物的菌劑(硅酸鹽細菌肥料、無機磷細菌肥料)；抗病與刺激作物生長的菌劑(抗生菌肥料)；
 
　　從其成分上可分為：
 
　　單純生物肥，它本身基本不含營養元素，而是以微生物生命活動的產物改善作物的營養條件，活化土壤潛在肥力，刺激作物生長發育，抵抗作物病蟲危害，從而提高作物產量和質量。
 
　　因而單純生物肥不能單施，要與有機肥、化肥配合施用才能充分發揮它的效能。如：大豆根瘤菌、磷素活化劑、生物鉀肥等。
 
　　有機-無機-生物復合肥，它是有機肥、無機肥、生物菌劑三結合的肥料制品，既含有作物所需的營養元素，又含有微生物，它可以代替化肥供農作物生長發育。
 
　　如目前市場銷售的生物有機復合肥、綠色食品專用肥、生物有機復合肥等。都是在制造過程中，添加生物菌劑，縮短有機肥的生產周期、增加其速效成分。
 
　　生物有機肥與傳統有機肥的區別在于是工廠化、專業化生產，有人也將這類肥料稱之為精制商品有機肥。